مركز تحقیقات چشم دانشگاه علوم پزشكی تهران با توجه به گستردگی فعالیت‌های پژوهشی، اجرایی و خدماتی در حال حاضر در طبقه‌ی همكف ساختمان قدیم بیمارستان فارابی مستقر می باشد. این محل در گذشته نیز جهت انجام امور تحقیقاتی توسط مرحوم آقای پروفسور شمس مورد استفاده قرار می‌گرفته است. فضای فیزیكی مركز تشكیل شده از:

1- دفتر مدیریت: جهت انجام امور اجرایی

2- سایت كامپیوتری: با امكان برقراری ارتباط اینترنتی پرسرعت wireless

3- سالن كنفرانس: جهت برگزاری كنفرانس‌های داخلی و خارجی و كارگاه‌های تخصصی

4- پاویون

5- اطاق نشریه: جهت بررسی آثار، مقالات، اخبار و تازه‌های پژوهشی و موارد مرتبط دیگر و چاپ آنها در فصل‌نامه‌ی تخصصی مركز تحقیقات چشم پزشكی

6- اطاق معاینه: برای معاینه‌ی بیماران و انجام فعالیتهای مربوط به اجرای طرح‌های تحقیقاتی