دانشكده پزشكی به عنوان قدیمی‌ترین دانشكده دانشگاه علوم پزشکی تهران از دیرباز سهم غیرقابل انكاری در پژوهش ایران داشته است. اگر به اولین شماره مجله Acta Medica Iranica در سال 1956 نگاهی بیاندازیم سطح بالای علمی این دانشكده مشخص می‌گردد. ما باور داریم با توجه به سطح علمی دانشجویان ورودی این دانشكده و توان پژوهشی اساتید این دانشكده، می‌بایست سطح پژوهشی دانشكده پزشكی در حد مرزهای دانش قرار گیرد. خوشبختانه عملكرد دانشكده پزشكی در كسب افتخارات ملی و بین‌المللی مؤید این امر می‌باشد. اعتقاد ما در انجام پژوهش‌هایی است كه ضمن ایجاد محیط پژوهشی در گروه‌های آموزشی، موجب اعتلای سلامت نیز گردد و در این امر رعایت اصول اخلاق پژوهش از هر نكته‌ای برای ما مهمتر می‌باشد. این دانشكده با انجام حدود 1000 پایان‌نامه در سال در مقاطع پزشكی عمومی، دستیار تخصصی و فوق تخصصی و فلوشیپ و بیش از 500 طرح تحقیقاتی در سال سهم قابل توجهی از تولیدات علمی كشور را به عهده دارد و تعداد 6 نفر از دانشمندان برجسته 1% ISI از اعضای هیات علمی دانشكده پزشكی دانشگاه علوم پزشكی تهران، سطح و توان پژوهش این دانشكده را نشان می‌دهد.با توجه به رسالت آموزش پژوهش از طریق پایان‌نامه‌های دانشجویان، تاكید بر سطح پژوهشی پایان‌نامه‌های این دانشكده بخصوص در سطح دستیاری تخصصی و فوق تخصصی حائز اهمیت برای حوزه پژوهشی می‌باشد.